Kompleks gua wisata baik gua alam maupun buatan yang terletak sekitar 42 km barat daya Kebumen ini mencakup kawasan seluas 5,5 hektare. Objek wisata ini telah dilengkapi dengan prasarana wisata seperti tempat parkir, peturasan, tempat bermain, kios makanan, buah-buahan dan toko cinderamata.
Kompleks Gua Jatijajar mencakup Gua Jatijajar, Gua Dempok, dan Gua Intan. Kawasan ini berada sekitar 250 m di atas muka laut. Sistem per-gua-an berkembang pada lapisan batu gamping yang berumur Miosen Tengah. Kehadiran fosil-fosil seperti Lepidocyclina sumatrensis Brady, L. elegans Tan dan Cycloclypeus annulatus Martin selain menunjukkan umur batuan juga sekaligus menciri lingkungan asalnya, yaitu laut dangkal yang mempunyai kedalaman maksimum 60 m.

1) Gua Jatijajar
Asal mula sejarah penemuan goa dimulai pada tahun 1802 oleh seorang petani bernama Djayamenawi. Goa Jatijajar terletak di Desa Jatijajar Kecamatan Ayah, dengan jarak tempuh sekitar 23 kilometer dari arah Gombong ke selatan. Luasnya 5,5 Hektar, Tinggi Goa sekitar 24 meter dan lorong Goa sepanjang 250 m, dengan lebar dan tinggi rata-rata 15-25 m, dapat dimasuki oleh wisatawan dengan mudah. Mulai tahun 1975, di sepanjang lorong gua ditempatkan 32 buah patung yang menceritakan legenda Raden Kamandaka. Di luar gua terdapat patung hewan purba yang sangat besar yaitu Dinosaurus.
Pembentukan kanopi di dekat pintu masuk Gua Jatijajar menunjukkan adanya sungai bawah tanah yang pernah aktif beberapa ratus ribu tahun lalu. Proses pengangkatan menyebabkan sungai menjadi kering, karena air mencari permukaan air tanah setempat yang letaknya lebih rendah. Sungai bawah tanah yang masih aktif di dalam Gua jatijajar tersingkap melalui beberapa sendang, yang letaknya berkisar antara 1-3 m di bawah lorong fosil utama.
Beberapa sendang diantaranya Sendang Kantil, Sendang Mawar, Sendang Puserbumi, dan Sendang Jombor.

2) Gua Dempok
Goa Dempok ditemukan pada tahun 1951, ditemukan oleh seorang penambang batu gamping yang bernama Mbah Resa Dempok. Nama Dempok diambil dari nama pemilik lahan penambangan kapur. Sisa-sisa kejayaan industri kapur tohor di masa lalu diabadikan dalam bentuk tobong pembakaran batu gamping, tidak jauh dari pintu masuk Gua Dempok. Segmen lorong gua sepanjang 50 m mulai dari pintu masuk merupakan bentukan alami hasil kegiatan sungai bawah tanah di masa lalu. Setempat, atap dan dinding gua dihiasi oleh stalaktit dan flowstone. Lubang di atap gua yang tembus ke permukaan (avent) berfungsi sebagai ventilasi alam, sehingga udara di dalam gua tetap segar. Lorong ini selanjutnya berhubungan dengan gua buatan, bekas penambangan kapur.
Panjang Gua Dempok 130 m, dengan ketinggian rata-rata 10 meter, dengan lebar 8-9 meter. Goa ini sebagai pintu masuk Goa Jatijajar. Goa ini menjadi unik karena merupakan gabungan antara gua alam dan gua buatan.

3) Gua lntan
Gejala endokars ini merupakan gua alam fosil yang penuh dengan ornamen yang masih aktif. Lorong-lorong di dalam Gua lntan yang berarah utara-selatan dan barat-timur genesa-nya berkaitan dengan pelarutan di sepanjang struktur retakan yang ada.
Sebuah stalaktit di dinding pintu masuk sebelah kanan dilingkupi oleh sedimen pasir lempungan berwarna merah kecoklatan. Sedimen tersebut mengandung fosil moluska, sehingga kehadirannya akan menguak sejarah pembentukan gua. Moluska adalah binatang darat yang hidup di sekitar gua. Ketika air hujan masuk ke dalam gua, binatang itu terangkut ke dalam gua bersama-sama dengan sedimen pasir dan lempung. Saat terjadi banjir seluruh lorong gua terendam air, dan sebuah stalaktit yang terletak 3 m dari dasar gua ditutupi oleh sedimen tersebut. Kumpulan fosil ini berumur Plistosen-Resen, sehingga Gua lntan setidaknya sudah ada sejak 1 juta tahun lalu.
Sebuah kubah besar berukuran 30 x 40 m dan tinggi maksimum 20 m dapat dicapai dengan melewati lubang sempit selebar 1 m. Atap kubah dihiasi oleh stalaktit-stalaktit berukuran maksimum 1 m. Sebuah avent diatap kubah berfungsi sebagai ventilasi alam. Sekelompok stalaktit yang menyatu dengan stalakmit membentuk pilar atau kolom setinggi beberapa meter yang indah. Ornamen gua di bagian ini umumnya masih aktif.